電子顯微鏡發射源是電子束或離子束，普通光學顯微鏡使用的是光源發射出來的光或鐳射。
普通光學顯微鏡使用的是特殊玻璃制的透鏡，利用光學原理改變光的行進；而電子顯微鏡使用的是磁透鏡，利用磁場改變電子束。
普通光學顯微鏡的較大倍數一般在1000～2000倍，解析度一般在0.1um~0.25um左右；而電子顯微鏡的解析度一般都在0.01nm~0.4nm左右。
普通光學顯微鏡可在一般大氣壓下使用；而電子顯微鏡一般都需在樣品室處于真空時使用。
普通光學顯微鏡受到光學的限制僅能用于觀測鑒定被測物體；而掃描電子顯微鏡可配合其他儀器，如能譜、波譜等儀器使儀器等等講起應用到很多領域。
總結如下：
發射源不同；透鏡不同；放大倍數和解析度不同；使用環境不同；應用的領域不同。
